Omdat het totaalbedrag van de transacties dat Brainpoint voor haar klanten verwerkt groot is en groeit, heeft Brainpoint een Vergunning als Betaalinstelling van De Nederlandsche Bank (DNB). De vergunning geldt als een zogenaamd Europees paspoort en geldt derhalve in alle landen van de Europese Gemeenschap. Om de vergunning te kunnen krijgen heeft Brainpoint moeten aantonen te voldoen aan een groot aantal eisen die worden gesteld aan o.a. de interne organisatie van Brainpoint, de capaciteiten van het bestuur van Brainpoint, de hoogte van het eigen vermogen van de onderneming en de exacte procedures die worden gevolgd bij de ontvangst- en doorstorting van tegoeden. Om vast te stellen dat Brainpoint blijft voldoen aan de vergunningsvoorschriften staat Brainpoint onder toezicht van zowel de Nationale Bank van Belgie (NBB), De Nederlandsche Bank (DNB) als de Autoriteit Financiële Markten (AFM).